Der gute ökologische Zustand der Gewässer, wie sie die EU-Wasserrahmenrichtline fordert, setzt sich aus vielen unterschiedlichsten Faktoren zusammen. Ein zentraler Faktor ist die Gewässerstruktur. Besonders Tieflandflüsse mit verlagerbarem sandigem Sohlsubstrat fehlt es oft an Strukturgebern. Das Flussbett ist monoton von Sand geprägt. Wenn auch für den Betrachter das Wellenspiel des abgelagerten Sandes interessant sein mag, den Kleinlebewesen des Gewässers bieten sie keine Lebensgrundlage. Sie benötigen dauerhafte und stabile Strukturelemente um sich entwickeln zu können.

Totholz ist in diesen Flüssen meist das alleinige strukturgebende Material. Daher erlangt es eine besondere Bedeutung in diesen Gewässern. Totholz nimmt Einfluss auf die Morphologie des Gewässers, auf die Biologie im Gewässer sowie auf die Hydraulik und den Stoffhaushalt.
Zur Morphologie zählen wichtige Punkte wie die Sohl- und Ufererosion, Sedimentrückhalt und Uferstabilität. Unter der Sohlerosion versteht man die durch den Einfluss von Totholz veränderte Gewässerstruktur. Durch die Ablenkung der Strömung entstehen Löcher und Ausbuchtungen im Substrat. Die so veränderte Strömungs- und Tiefeneigenschaften tragen zu einer erhöhten Lebensraumvielfalt bei. Die entstandenen Löcher oder auch Pools genannt, bieten der Fischfauna gerade in den Sommermonaten überlebenswichtige Rückzugsräume.

Ufererosionen können Folge eines starken Totholzbesatzes sein. Begradigte Flüsse erhalten so wieder ihre natürliche mäandrierte Form. Steilkanten entstehen, wodurch das Gewässerprofil wieder natürliche Tief- und Flachwasserstellen auffeist. Durch den Einfluss von Totholz wird durch die verminderte Strömungskraft, die starke Verlagerung von  Sohlsubstrat verringert. Der Lebensraum für Kleintiere im Gewässer wird dadurch dauerhafter, zudem erhöht sich die Anzahl von strömungsarmen Rückzugsräumen für Fische, gerade bei Starkströmung.
Die wichtigste Eigenschaft von Totholz für die Fischfaune ist dessen Schutz. Totholz bietet wichtige Versteckmöglichkeiten vor Fressfeinden und Rückzugsort für Kleinfischarten. Darunter fällt sowohl der Schutz vor Räubern wie den Kormoran aber ebenso der Schutz vor Raubfischen. Vor allem bei klaren und flachen Gewässern ist die Schutzwirkung von Totholz ein bedeutender Punkt.

Ein ebenfalls entscheidender Punkt ist die Erhöhung der Artenvielfalt und Artenzahl der Kleinlebewesen, die durch Totholz im sandigem Gewässergrund gefördert wird. Viele die Kleinlebewesen benötigen unbedingt festes Material um sich dauerhaft im Gewässer behaupten zu können. Totholz bietet dazu die ideale Lebensgrundlage. Mikroben, Algen und Pilze sind ihre Grundlage und besiedeln als Pioniere das Holz. Folglich können sich die wasserbewohnenden Kleintiere wie Larven, Krebse, Egel und Schnecken ideal entwickeln. Sie wiederum bilden die Nahrungsgrundlage der Fische.   
Allen Vorteilen zum Trotz, einfach warlos Holz in ein Gewässer einzubringen kann und ist nicht der richtige Weg. Viele grundlegende Überlegungen müssen vor dem Besatz mit Totholz in einem Gewässer getroffen werden. Als Stichworte seien hier Hochwasserschutz, Eigentumsverhältnisse, Gesamtauswirkungen des Flusses und die Haftung für Schäden lückenhaft aufgeführt.